Die Cochrane Collaboration ist eine internationale, nicht kommerzielle Organisation und in Großbritannien unter englischem Recht als ‚charity’ (Wohltätigkeitsorganisation) registriert. Die Einnahmen, die aus den Lizenzen für die Cochrane Library fließen, werden für die zentralen Strukturen und Funktionen der Collaboration verwendet: das zentrale "Secretariat" in Oxford, die halbjährlichen Treffen der Selbstverwaltung (Steering Group, Centres' Directors), die Teilnahme von Patienten an Cochrane Colloquia, Projekte zur Qualitätsverbesserung der Cochrane Library, Software-Entwicklung und die Pflege der Kommunikationsstrukturen.

Die Finanzierung der Entitäten (Zentren, Review Gruppen) und der Review Autoren und Autorinnen obliegt deren eigener Initiative, finanzielle Förderung zu finden. Dabei hat die Unabhängigkeit und die Vermeidung von Interessenkonflikten in allen Finanzierungsvereinbarungen höchste Priorität (siehe Policy on Commercial Sponsorship). Bestehen bei einer Fördermöglichkeit Zweifel, ob diese im Einklang mit der Haltung der Cochrane Collaboration bezüglich Sponsorenschaft und Interessenkonflikten steht, wird der ‚Funding Arbiter’ (Vermittler) eingeschaltet.